确保食物供应安全无虞的最大挑战之一，是如何在高度复杂的样品基质中侦测超威量具危害性的物质。由于液相层析串联四极柱质谱仪受到广泛使用，让食物基质干扰农药侦测的问题获得进展，不过，仍难以区隔与农药具有类似物性及化性的基质成分。此类样品独特性造成分析的干扰认知不足，会导致质量检验不良，而影响实验室的分析能力与声誉。

了解每一种样品基质的特性，对分析过程明显有益，相同的，监测样品间与各批次间的基质变化同样有助于分析，且这些能力可推动实验室的分析质量持续进步。传统的液相层析串联质谱仪系统，无法直接在高灵敏的多重反应监控 (MRM) 中监测样品基质，仅有最近上市的新一代仪器方具备此能力。

样品基质会对分析造成的困扰，包括会干扰层析分析条件、会增加化学性噪声，以及最明显的是会抑制离子化过程1-4。具有高度复杂基质的物质，例如植物和香料，很容易的与基质结合就会发生上述状况，导致更难以量测残余农药的浓度。
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