根據iThome報導，日本獨立行政法人理化學研究所（專長領域為高性能分子模擬研究）與日本SGI（組織大型電腦系統經驗豐富）、英特爾（Intel）宣布，分子動力學模擬專用電腦系統MDGrape-3已經建構完成，理論上能實現1000teraflops（1peraflops）的浮點運算能力。

理研表示，相較之下目前超級電腦排行榜TOP 500中的第一名——美國Lawrence Livermore國家研究所的IBM BlueGene/L（2006/6/16時），其理論浮點運算性能約為每秒360兆次（360 TFLOPS），雖然看來MDGrape-3的確是對方的三倍強，但並沒有經過超級電腦排行榜LINPACK Benchmark（一種計算電腦浮點運算能力的公式）性能檢測，所以目前只能說理論上效能大於IBM BlueGene/L。

這台超級電腦系統包括了201台理研的專屬系統，已及兩種不同款式的Xeon伺服器。其中，理研自己的201台專屬系統每台都採用了24片分子動力學模擬專用LSI晶片MDGrape-3，具有230Gflops運算能力。但由於有16顆為不良品，因此實際運作的總計有4808顆處理器。

支援這套專屬系統叢集的總計有19122顆Xeon處理器：有64台採用Xeon 5000（代號Dempsey）雙核處理器的平行伺服器，每一台伺服器使用高達256顆處理器；以及37台配備3.2GHz Xeon（2Mb L1快取）處理器的平行伺服器，每台伺服器配備了74顆處理器核心。

MDGrape-3將用來研究生物的原子成分，並且利用它的模擬能力來解釋生命的各種現象，另外也可期待它在開發新藥品時的高速檢測功能或是加快研發生物奈米機器，或是解析蛋白質中極微小的原子來尋找相關病症原因。