继水电供应疑虑风波之后，南科建设进度又因内政部拒绝核准南科的建馆审查授权案而再度受阻。国科会南科开发筹备处、内政部营建署、研考会于日前(18日)召开「研商指定南科筹备处为南科园区主管建筑机关会议」，该次协商由营建署副署长刘庆男和园区筹备处主任戴谦共同主持。会中南科筹备处提案，希望能够比照新竹园区模式，由营建署直接授权园区开发单位进行区内相关建管案件的审查，以减少进驻高科技厂家投资设厂公文作业的时间流程。

然而，18日的协商会在经过长达2个多个小时的讨论之后，营建署方面并没有同意授权，其所持的理由是「无法确定南科开发筹备处是否为合法正式单位」。关键在于，部份与会者认为必须等到筹备处升格为管理局后，才算所谓的「正式单位」然同是中央部会的劳委会却不认同，更已授权筹备处进行园区厂家劳工检查相关业务。而面对惊传失利的授权案风波，已经引发园区进驻业者高度不满和关注；业者表示，行政效率低落一向就是影响厂家在台投资的关键问题，倘若政府相关单位再不设法改善，南科的建设之路将会坎坷而漫长。