設計人員在把大型FPGA元件整合至PCB時，所面臨的主要挑戰之一就是I/O針腳配置。基於越來越多的因素，許多設計人員發現定義大型FPGA元件I/O針腳的組態或「針腳輸出（pinout）」，以及先進的BGA封裝的程序，已變得日趨困難。但若將聰明的I/O規劃與各種新工具結合在一起，就可以排除讓您頭痛的針腳輸出程序。

從FPGA到PCB之間定義I/O針腳輸出的工作，是決定設計成敗的一項重大挑戰。設計人員必須從FPGA與PCB的角度來平衡各項需求，並為此兩個元件進行平行設計。若過早針對PCB或FPGA最佳化針腳配置，可能會在另一方面產生設計問題。

設計人員必須能預想PCB配置與FPGA實體元件的針腳，以及內部的FPGA I/O銲墊配置與其它相關資源，以了解針腳配置選擇會產生的結果。然而，到目前為止，仍未有單一工具或方法能一次解決所有協同設計的問題。
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