確保食物供應安全無虞的最大挑戰之一，是如何在高度複雜的樣品基質中偵測超微量具危害性的物質。由於液相層析串聯四極柱質譜儀受到廣泛使用，讓食物基質干擾農藥偵測的問題獲得進展，不過，仍難以區隔與農藥具有類似物性及化性的基質成分。此類樣品獨特性造成分析的干擾認知不足，會導致品質檢驗不良，而影響實驗室的分析能力與聲譽。

瞭解每一種樣品基質的特性，對分析過程明顯有益，相同的，監測樣品間與各批次間的基質變化同樣有助於分析，且這些能力可推動實驗室的分析品質持續進步。傳統的液相層析串聯質譜儀系統，無法直接在高靈敏的多重反應監控 (MRM) 中監測樣品基質，僅有最近上市的新一代儀器方具備此能力。

樣品基質會對分析造成的困擾，包括會干擾層析分析條件、會增加化學性雜訊，以及最明顯的是會抑制離子化過程1-4。具有高度複雜基質的物質，例如植物和香料，很容易的與基質結合就會發生上述狀況，導致更難以量測殘餘農藥的濃度。
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